Slibně nastartovaný hospodářský vývoj opět nevydržel dlouho. Už v roce 1937 začíná ve světě další hospodářská krize, která k nám dorazila o rok později a byla přerušena světovou válkou. Mnichovská dohoda znamenala pro Československou republiku pohromu jak politickou, tak hospodářskou, ale i mravní. Naše země ztratila téměř třetinu území, významnou část přírodních zdrojů, byla ochromena doprava a došlo k poklesu výroby jak v zemědělství, tak v průmyslu.

V průběhu 2. světové války se protektorátní vláda snažila udržet a zvýšit zemědělskou výrobu. Přes veškerou snahu i nucenou práci v zemědělství ale výroba stále upadala. Zásadní vliv na to měl úbytek zemědělské půdy, nedostatek strojů, umělých hnojiv, pracovních sil, ale i nechuť samotných zemědělců zvyšovat zemědělskou výrobu. Často sabotovali povinné dodávky, zapojovali se do boje proti okupantům apod. Zemědělství bylo plně podřízeno válečným potřebám Říše, v národním zemědělství byly německým hospodářstvím napáchány četné škody. Snaha o co nejvyšší výnosy totálně převládla nad tradičním selským rozumem a promyšlenými hospodářskými postupy. Půda byla po válečné honbě za velkou úrodou naprosto vyčerpaná.

V průběhu války byla těžká situace ve výživě obyvatel stejně jako v minulé válce řešena potravinovými lístky na poživatiny, mléko, tuky, maso, ale i mýdlo, látky a obuv, čímž byl omezen obchod a ceny na trhu byly ustáleny. Jelikož za války platilo vázané hospodářství, rolníci nemohli pěstovat to, co chtěli, a museli většinu své úrody odevzdávat.

Za války se prakticky podařilo překonat obrovské předválečné zadlužení venkova. Podíl na tom mělo jednak využití znehodnocení měny, zhoršená válečná zásobovací situace a v neposlední řadě i hojné využívání černého trhu.